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회계 · 실무 가이드 · 연말정산

중도입사·중도퇴사자 연말정산, 누가 언제 어디까지

엘리노트 편집팀 · 회계팀 정리6분 읽기

연말정산에서 가장 많이 막히는 건 계속 근로자가 아니라 '올해 들어왔거나 나간 사람' 입니다. 대상별로 회사가 할 일과 시기, 직원이 낼 서류를 한 표로 정리하고, 자주 걸리는 공제 네 가지를 붙였습니다.

대상별로 회사가 하는 일

누구회사가 하는 것언제직원이 내는 것
계속 근로자간소화 자료·공제신고서를 받아 2월 급여에 정산 반영1~2월간소화 PDF, 공제신고서, 간소화에 없는 영수증
중도입사자
올해 다른 회사에 다녔음
종전근무지 소득을 합산해서 정산. 재직 기간에만 공제되는 항목(보험료·의료비·교육비·신용카드 등)은 우리 회사 재직 기간분만2월위 서류 + 종전근무지 원천징수영수증
중도퇴사자퇴직하는 달 급여를 줄 때 약식 정산(기본공제·표준세액공제 위주). 추가 공제는 본인이 다음 해 5월 종합소득세 신고로퇴사월기본은 없음. 원천징수영수증은 회사가 교부
12월 31일 퇴사자퇴사자이지만 그해 소득이 전부 우리 회사 것이라 회사가 정산한다. 12월 급여 지급 시 또는 2월 정산에 포함12월 또는 2월계속 근로자와 같음
이중근로자
두 곳에 동시에 재직
직원이 주된 근무지를 정해 알리면, 주된 근무지가 종된 근무지 소득까지 합산 정산2월종된 근무지 원천징수영수증
가장 흔한 오해

"퇴사자는 5월에 알아서" — 반만 맞습니다. 퇴직하는 달 급여를 줄 때 회사가 먼저 약식으로 정산하고, 의료비·기부금 같은 추가 공제만 본인이 5월에 받습니다. 12월 31일 퇴사자는 회사가 끝까지 합니다.

중도입사자 — 서류 한 장이 정산을 가른다

  • 종전근무지 원천징수영수증 받기전 직장에 요청. 퇴사 후 회사는 다음 달 말일까지 교부 의무가 있다(소득세법 제143조). 안 주면 3월 이후 홈택스 「지급명세서 등 제출내역」에서 본인이 조회할 수 있다.
    1월 중
  • 결정세액·기납부세액 읽기종전근무지 영수증에 둘 다 있는 게 정상이다. 우리 회사 정산의 「종전근무지」란에는 그 회사의 총급여·소득세 결정세액(=그 회사에서 최종 확정된 세금)을 기납부세액으로 넣는다. 매월 뗀 세금 합계가 아니다.
    입력 시
  • 간소화 자료는 월별로 체크간소화 PDF는 1년 전체가 나온다. 보험료·의료비·교육비·신용카드 등 「근로 제공 기간」에만 공제되는 항목은 우리 회사 재직 개월만 체크해 내도록 안내한다(연금·기부금처럼 연 단위 항목은 전체).
    제출 전
  • 서류가 끝내 없으면우리 회사분만 정산하되, 직원에게 5월 종합소득세 확정신고로 합산해야 한다고 문서로 안내한다. 두 회사 소득을 따로 정산하면 기본공제가 두 번 들어가 나중에 추징된다.
    2월 말

중도퇴사자 — 회사가 할 것과 안내할 것

할 것. 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 한다. 서류를 안 낸 퇴사자는 기본공제(본인)와 표준세액공제만으로 정산해도 된다. 정산 결과가 반영된 원천징수영수증을 교부하고, 다음 해 3월 10일까지 지급명세서를 제출한다.

안내할 것. 퇴사 안내문에 한 줄 — "추가 공제(의료비·교육비·기부금·신용카드 등)는 다음 해 5월 종합소득세 신고에서 본인이 받을 수 있고, 새 직장에 입사하면 그 회사에 원천징수영수증을 내면 됩니다." 이 문장이 있으면 3월에 오는 전화의 절반이 사라진다.

자주 걸리는 공제 네 가지

항목기준실무에서 걸리는 지점
교회·종교단체 기부금지정기부금(종교단체). 발급 단체가 간소화 자료를 안 내면 자료에 없다 → 영수증 원본 제출 + 기부금명세서 입력. 공제율·한도는 연도별로 확인(2026년 기준 15%, 1천만원 초과분 30%)"간소화에 없으니 없는 것" 으로 넘기는 것
자녀 보장성보험료근로자 본인 또는 기본공제 대상자를 피보험자로 한 보험만. 자녀를 기본공제 받는 쪽만 자녀 보험료를 공제받는다맞벌이 부부가 각자 회사에서 같은 자녀 보험료를 올리는 것
부양가족 소득 요건연 소득금액 100만원 이하(근로소득만 있으면 총급여 500만원 이하). 간소화 자료는 소득 여부를 걸러 주지 않는다소득 있는 배우자·부모를 올리는 것 — 사후검증 1순위
월세 세액공제무주택 세대주(요건 충족 시 세대원 포함), 총급여 기준 있음, 임대차계약서·이체 내역 필요. 기준 금액은 연도별 확인전입신고가 안 돼 있거나 계약자가 본인이 아닌 것

일정 — 회사 기준

  • 안내문 발송대상 구분(계속·중도입사·이중근로), 제출 서류, 제출 기한, 간소화에 없는 영수증 목록, 흔한 과다공제 3가지.
    1월 초
  • 간소화 서비스 개통보통 1월 15일 전후. 직원이 PDF를 내려받는 시점. 회사 일괄 제공 서비스를 쓰면 동의 절차가 먼저다.
    1월 중순
  • 회사 제출 마감2월 급여에 반영하려면 급여 마감 7~10일 전. 늦은 서류는 3월 10일 지급명세서 전까지 재정산 가능.
    1월 말~2월 초
  • 정산 반영·영수증 교부2월 급여에 환급·추가납부 반영. 원천징수영수증은 직원에게 교부.
    2월 급여일
  • 지급명세서 제출근로소득 지급명세서를 홈택스로 제출. 정정은 이 뒤에도 가능하지만 가산세 대상이 될 수 있다.
    3월 10일
회사의 선

회사는 제출된 자료를 반영할 뿐 검증할 의무는 없습니다. 그래도 안내문 한 장이 직원의 가산세와 3월의 전화를 줄입니다. 이 페이지의 수치는 2026-09-20 기준이며, 공제율·한도·서식은 매년 바뀌니 정산 전 국세청 종합안내와 대조하세요.

근거
  • 소득세법 제137조(근로소득세액의 연말정산) · 제138조(재취직자의 연말정산) · 제143조(원천징수영수증 교부)
  • 소득세법 제50조(기본공제) · 제59조의4(특별세액공제: 보험료·의료비·교육비·기부금·월세)
  • 국세청 연말정산 종합안내 · 간소화 서비스 안내 (확인 2026-09-20)
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